學院始建于1958年，前身是內蒙古農牧學院農田水利系，1990年更名爲水利工程系，1999年農林兩校合並更名爲水利與土木建築工程學院。學院下設水利工程系、資源環境系、土木工程系、測繪工程系等4個教學系和1個實驗教學中心（水利土木工程綜合實驗中心）。水利土木工程綜合實驗中心下設5個綜合實驗室，共23個功效實驗室。

學院始終牢記“爲黨育人、爲國育才”使命，把黨的領導貫穿辦學治院、立德樹人全過程。學院爲首批全國黨建事情標杆院系，學院黨委爲自治區先進基層黨組織，駐河套灌區碩、博士研究生流動黨支部爲首批全國百個研究生樣板黨支部，寒旱區生態·水宁静研究生黨支部爲首批自治區高校研究生樣板黨支部。學院現有教職工106人，其中教授22人，副教授27人，高級實驗師2人。有自治區級教學名師6人，自治區級教壇新秀5人，自治區傑出人才獎獲得者1人，新世紀“百千萬人才工程”國家級人選1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃1人，享受國務院政府特殊津貼7人，自治區有突出貢獻的中青年專家7人，自治區培養“草原英才”二、三類人選12人。

學院現有農業水利工程、水文與水資源工程、給排水科學與工程、環境工程、水利水電工程、土木工程、測繪工程和智慧水利共8個本科專業，其中，農業水利工程、水文與水資源工程、水利水電工程和測繪工程4個專業國家級一流專業建設點，農業水利工程和水文與水資源工程爲國家特色專業建設點，農業水利工程專業入選國家第一批卓越農林人才教育培養“複合應用型”農林人才計劃項目試點專業；通過中國工程教育認證的專業有水文與水資源工程（2009年、2015年、2018年）、農業水利工程（2014年、2018年）、水利水電工程（2020年）、測繪工程（2020年）；土木工程專業爲自治區一流專業建設點，農業水利工程專業爲自治區重點建設專業，自治區品牌專業有6個（農業水利工程、水文與水資源工程、土木工程、給排水科學與工程、環境工程和測繪工程）。擁有自治區一流課程1門，自治區一流虛擬仿真實驗1個，自治區精品課程9門和自治區教學團隊4個。現有在校本科生2195人。

学院各专业培养体现“厚基础、宽领域”和“普通化教育”的目标要求，针对学生生源的条理和对课程的差异需要，将课程平台分级设置，旨在不停建设和实施“大类培养融通化、基础培养规格化、专业培养分流化、分级培养条理化、导向培养精英化”的人才培養模式。除给排水科学与工程和测绘工程专业外，其它各专业学生，经过一年的基础教育，经考核结果优秀者，可自愿申请转入农业水利工程专业的“复合应用型”卓越农林人才教育培养计划项目试点班单独培养。同时，为培养适应社会需求的复合型人才，勉励各专业学有余力的学生多方面生长，允许优秀学生从第三学期开始选修攻读主辅修、双学位等专业课程。

学院现有水利工程、农业工程博士后科研流动站2个，水利工程、农业工程一级学科博士学位授权点2个，土木水利专业博士学位授权点1个，土木工程一级学科硕士学位授权点1个，水利工程、农业工程为自治区一流拔尖培育学科。农业水土工程为国家重点（培育）学科，农业水土工程和水文学及水资源为自治区重点学科，水工结构工程为自治区重点（培育）学科。有教育部創新團隊1个，科技部創新團隊1个，自治区“草原英才”創新團隊、自治区青年科技人才（創新團隊）等創新團隊10个。有国家定位视察站、国家恒久科研基地、自治区重点实验室各1个，自治区级工程技术研究中心4个，水利类综合试验基地1个，研究生实践教学基地26个。现有硕士研究生258人，博士研究生86人，留学生（硕士）9人。

2023年共获批种种项目64项，总经费1.006亿元，其中：纵向项目53项，总经费9398万元，包罗：国家自然科学基金项目13项，其中重点联合基金2项、面上基金2项、青年基金2项、地域基金7项；获批国家重点研发计划重点专项项目1项；自治区自然科学基金项目11项，其中面上基金4项；获批内蒙古自治区重点研发和科技结果转化计划3项、课题1项，自治区科技創新重大示范工程课题6项，高校基本科研业务费项目5项。获批高等学校青年科技人才支持项目1项、引进高条理人才科研支持项目4项、高条理及优秀博士人才科研启动项目7项。横向项目11项，总经费662万元。获自治区科技进步二等奖2项，发表论文146篇，其中SCI收录59篇，EI收录23篇；申请专利17项，授权专利软件著作权24项，出书专著6部。