学院有内蒙古乌梁素海湿地生态系统国家定位视察研究站、乌梁素海湿地生态系统国家恒久科研基地、内蒙古自治区生态水文与水资源高效利用重点实验室、内蒙古自治区寒旱区水文科学与水资源开发利用工程技术研究中心、水资源高效利用与河湖湿地修复技术内蒙古自治区工程研究中心、高效节水技术装备与水土情况效应内蒙古自治区工程研究中心、黄河流域内蒙古段水资源与水情况综合治理自治区协同创新中心等省部级视察站、重点实验室和工程中心，有河套灌区杨家河灌域水工修建物耐久性及水土情况力学、科尔沁沙地（草原）生态水文、锡林郭勒草原内陆河流域生态水文、河套灌区农业水土情况与盐碱地综合利用、呼伦湖湿地生态情况、达里诺尔湖生态情况、岱海湿地水文与生态情况、察汗淖尔湿地生态情况等野外视察试验基地，形成了较为完善的科研平台体系，全面服务支撑各学科科學研究事情。